Fukuoka, sinh ngày 2 tháng 2 năm 1913 tại Iyo, Ehime, Nhật Bản, là con trai thứ hai của Kameichi Fukuoka, một chủ đất và một lãnh đạo địa phương có học thức và giàu có. Fukuoka theo học Đại học Nông nghiệp tỉnh Gifu và được đào tạo thành một nhà vi sinh vật học và nhà khoa học nông nghiệp. Ông khởi đầu sự nghiệp khoa học nghiên cứu chuyên về bệnh học thực vật. Ông làm việc tại Bộ phận Kiểm tra Thực vật của Cục Hải quan Yokohama vào năm 1934 ở vị trí thanh tra hải quan nông nghiệp. Năm 1937, ông phải nhập viện vì bệnh viêm phổi, và trong khi hồi phục, ông kể rằng mình đã có một trải nghiệm tâm linh sâu sắc làm thay đổi thế giới quan của ông[7][8][9] và khiến cho ông hoài nghi các phương pháp khoa học nông nghiệp hiện đại của "phương Tây". Sau đó, ông ngay lập tức từ chức và trở về trang trại của gia đình trên đảo Shikoku ở miền nam Nhật Bản.

Từ năm 1938, Fukuoka bắt đầu thực hành và thử nghiệm các kỹ thuật mới cho những vườn cây ăn quả hữu cơ và hình thành ý tưởng "nông nghiệp tự nhiên" từ những quan sát thu được. Bên cạnh những hoạt động khác, ông cũng ngừng việc cắt tỉa một diện tích cây có múi khiến những cây ở đó bị sâu bọ phá hoại, cành cây bị rối vào nhau. Ông cho rằng trải nghiệm đó đã dạy cho ông sự khác biệt giữa cái tự nhiên và việc không can thiệp.[10][11] Những nỗ lực của ông đã bị gián đoạn bởi Thế chiến thế giới thứ hai, là khoảng thời gian ông công tác tại trạm thí nghiệm nông nghiệp tỉnh Kōchi, với các hoạt động bao gồm nghiên cứu nông nghiệp và sản xuất thực phẩm.